토지·건물 매각 때 ‘자본적 지출’ …

토지·건물 매각 때 ‘자본적 지출’ 관련 비용 매입세액 공제 안 돼

“용역 공급받지 않고 계약해지 따른 위약금(합의금) 성격 지급 비용도 공제 못 해”
국세청, 토지·건물 취득 후 사업 중단으로 매각하는 경우 매입세액공제 여부 해석

과세사업 목적으로 토지·건물을 취득해서 사업을 시행하다 사업 중단으로 토지·건물을 매각했다면 사업시행 관련 매입세액은 공제하는 것이 맞다. 그러나 이 과정에서도 토지 취득이나 자본적지출 관련 매입세액은 공제하지 않으며 토지 공급을 위한 자문수수료 관련 매입세액 역시 공제하지 않는다는 국세청 유권해석이 나왔다.

국세청은 과세사업을 위해 토지·건물을 취득했지만 사업중단으로 매각하는 경우 매입세액 공제 여부 등에 대해 이같이 사전답변 했다.

국세청은 사전답변 회신을 통해 “질의의 내용은 부동산개발업을 영위하는 사업자(이하 ‘사업자’)가 지식산업단지를 조성해 분양하는 과세사업을 영위할 목적으로 토지 및 철거 목적의 건물(이하 ‘부동산’)을 취득하며 거래가액을 전액 토지가액으로 해 취득한 뒤 사업을 진행하던 중 사업이 중단돼 건물을 철거하지 않고 해당 부동산을 매각한 경우”라고 밝혔다.

또한 “당초 사업시행에 필요한 자금조달을 위한 금융자문 수수료, 사업성평가용역에 대한 수수료, 설계비, 신축공사 타절비 등을 지급하고 세금계산서를 수취한 경우 과세사업을 위해 공급받은 용역에 대한 매입세액은 부가가치세법 제38조 제1항에 따라 매출세액에서 공제되는 것”이라고 밝혔다.

국세청은 그러나 “해당 비용 중 부동산의 취득 및 토지 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 비용과 용역을 공급받지 않고 계약해지에 따른 위약금(합의금) 성격으로 지급한 비용 관련 매입세액은 같은 법 제39조 제1항에 따라 공제하지 않는 것”이라고 해석했다.

이와 함께 “부동산 매각을 위한 자문수수료 관련 매입세액이 부가가치세가 과세되는 건물과 면세되는 토지의 공급에 공통되는 매입세액인 경우 같은 법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 토지의 공급에 관련된 매입세액은 공제하지 않는다”고 답변했다.

신청 법인은 부동산시행과 부동산컨설팅업 등을 영위하는 법인으로 지식산업단지를 조성, 분양하기 위해 2019년 12월 토지 및 건물(이하 ‘본건 부동산’)을 취득해 사업을 진행하다 사업 환경의 변화로 사업이 중단돼 2020년 10월 본건 부동산을 매각했다.

또한 당초 건물을 철거할 목적으로 취득해 거래금액 전액을 토지가액으로 했지만 사업 중단으로 건물이 철거되지 않아 매각할 때 감정평가를 받아 토지 0,000억원, 건물 00억원에 양도했다.

신청 법인은 이와 함께 본건 부동산 취득과 사업시행에 필요한 자금조달을 위한 금융자문수수료와 사업성평가용역 수수료, 설계비, 신축공사 타절비 등을 지출하고 관련 세금계산서를 수취했으며 본건 부동산 매각과 관련해 매각자문, 법률자문 수수료를 지출하고 세금계산서를 수취했다. 이 과정에서 신청법인은 주업종을 부동산시행업에서 부동산매매업으로 정정했다.

신청 법인은 이와 관련해 지식산업단지를 조성해 분양할 목적으로 토지·건물을 취득해 사업을 시행하던 중 사업 중단으로 토지·건물을 매각하는 경우 사업시행 관련 및 부동산 매각 관련 매입세액의 공제 여부에 대해 물었다.

(부가 사전-2020-법령해석부가-1162 [법령해석과-4146] 2020. 12. 17)

현행 부가가치세법 제9조(재화의 공급) 제1항에서는 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.”고 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) 제1항에서는 “다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.”고 규정하면서 제14호에서 “토지”로 규정하고 있다.

이와 함께 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) 제1항에서는 “매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)”으로 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) 제1항에서는 “제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하면서 제4호에서 “사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액”, 제7호에서 “면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”으로 규정하고 있다.

한편 부가가치세법 시행령 제80조(토지에 관련된 매입세액)에서는 “제39조 제1항 제7호에서 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”고 규정하고 있고 제1호에서 “토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액”, 제2호에서 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액”, 제3호에서 “토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액”으로 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 시행령 제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출)에서는 “법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.”고 규정하고 있다.

이와 함께 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분)에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 ‘공통매입세액 안분기준’이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.”고 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산) 제1항에서는 “법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. <단서생략>”고 규정하고 있다.

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